Protein–RNA interactions for Protein: Q96JH7

VCPIP1, Deubiquitinating protein VCIP135, humanhuman

Predictions only

Length 1,222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPIP1Q96JH7 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPIP1Q96JH7 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VCPIP1Q96JH7 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCPIP1Q96JH7 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms