Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 IRAK3-201ENST00000261233 8663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC079328.1-201ENST00000560358 952 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DNAJC14-203ENST00000357606 3416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AKAP7-204ENST00000431975 2954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC13.02□□□□□ -0.33
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