Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LRP8-201ENST00000306052 7648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ANO6-202ENST00000423947 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 P2RY1-201ENST00000305097 6747 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AXL-201ENST00000301178 4737 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 STARD8-201ENST00000252336 4862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SSTR2-201ENST00000357585 7683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms