Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHMP4CQ96CF2 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms