Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC5-201ENST00000534261 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.3 ms