Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AC090826.2-201ENST00000568496 4946 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 DHTKD1-201ENST00000263035 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CSPG4P12-202ENST00000559989 7790 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CRYBG2-201ENST00000308182 5245 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 B3GAT1-203ENST00000524765 5737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RALGAPA1-201ENST00000307138 7911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 KIAA0319-204ENST00000537886 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TNIK-204ENST00000436636 6970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.3 ms