Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 AGPAT3-205ENST00000398063 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
TRIM54Q9BYV2 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 MOCS3-201ENST00000244051 5106 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 OSBPL3-201ENST00000313367 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
TRIM54Q9BYV2 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms