Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms