Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH2P43246 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH2P43246 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH2P43246 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH2P43246 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH2P43246 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH2P43246 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH2P43246 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH2P43246 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH2P43246 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH2P43246 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH2P43246 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH2P43246 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH2P43246 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH2P43246 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH2P43246 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH2P43246 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH2P43246 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH2P43246 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH2P43246 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH2P43246 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms