Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
SDCBPO00560 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC19.52■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SDCBPO00560 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SDCBPO00560 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SDCBPO00560 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SDCBPO00560 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms