Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CMTM6-201ENST00000205636 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CACNA1I-202ENST00000402142 10004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
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