Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KBTBD12-202ENST00000405109 5727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KIF7-201ENST00000394412 4551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RAB18-207ENST00000535776 4811 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SLC52A3-205ENST00000632431 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms