Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 PLXNC1-202ENST00000545312 1813 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 MRC2-202ENST00000446119 3201 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
PTPN4P29074 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 SDR42E2-201ENST00000602312 2630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
PTPN4P29074 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms