Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 C5orf66-206ENST00000624272 2479 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RPS6KL1-210ENST00000555647 3309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LPAR5-201ENST00000329858 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LIG1P18858 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LIG1P18858 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms