Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
TREX1Q9NSU2 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
TREX1Q9NSU2 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms