Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 SUPT4H1-201ENST00000225504 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 AC006455.8-201ENST00000451381 351 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 AL132709.1-203ENST00000555103 569 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CUX1P39880 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 AL080250.1-201ENST00000438676 445 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 MIR6858-201ENST00000620733 67 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CUX1P39880 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CUX1P39880 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CUX1P39880 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CUX1P39880 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CUX1P39880 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CUX1P39880 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 LAIR2-201ENST00000301202 699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TNNT2-204ENST00000367317 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TNNT2-209ENST00000421663 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 NDUFC1-209ENST00000539002 1198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 NDUFC1-211ENST00000544855 1257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC129507.4-201ENST00000570501 411 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC073911.3-201ENST00000624401 631 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 AC092299.1-201ENST00000632679 757 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CUX1P39880 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CUX1P39880 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CUX1P39880 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CUX1P39880 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CUX1P39880 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CUX1P39880 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms