Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SYNE3Q6ZMZ3 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms