Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SHPK-201ENST00000225519 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 EP400NL-206ENST00000446190 3697 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CDH16-209ENST00000570262 2604 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CSNK1D-202ENST00000314028 3712 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SLC4A7-213ENST00000454389 4159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MRVI1-204ENST00000527509 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MXD1-206ENST00000540449 5580 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RAD17-207ENST00000361732 3002 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TRIM71-201ENST00000383763 8685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LOXL3-202ENST00000393937 2398 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ZBTB7C-204ENST00000586438 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MLXIPL-205ENST00000429400 3173 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TSPAN18-207ENST00000520358 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PLK2-201ENST00000274289 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 WNT2B-202ENST00000369684 3818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MINDY2-203ENST00000559228 9238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 GALC-206ENST00000544807 2528 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SNX14-203ENST00000369627 3111 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 KCNH6-202ENST00000456941 2928 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PML-201ENST00000268058 4508 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 KCNH4-201ENST00000264661 3920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SPRY2-201ENST00000377102 2708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ANO6-202ENST00000423947 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CARD10-203ENST00000406271 3127 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms