Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
USF1P22415 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.29
USF1P22415 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
USF1P22415 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
USF1P22415 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.3
USF1P22415 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.3
USF1P22415 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
USF1P22415 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.3
USF1P22415 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
USF1P22415 POM121-202ENST00000395270 7011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
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