Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC9Q9Y3X0 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 117 ms