Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
KLHL28Q9NXS3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.7 ms