Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC87Q9NVE4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC87Q9NVE4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms