Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM56Q9BRZ2 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM56Q9BRZ2 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms