Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC54Q8NEL0 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms