Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP53Q70EK8 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP53Q70EK8 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms