Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A4P53420 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL4A4P53420 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.4 ms