Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
NPHP1O15259 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP1O15259 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms