Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
TRIM28Q13263 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
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