Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP53Q70EK8 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP53Q70EK8 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms