Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SDHAF2-206ENST00000542074 835 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AP005131.2-201ENST00000589045 487 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL354892.2-201ENST00000413088 403 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL365436.2-201ENST00000434112 526 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL132780.4-201ENST00000624870 1135 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SERHL-201ENST00000359906 1346 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DNAJB13-203ENST00000537753 912 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 IZUMO1R-202ENST00000440961 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HIST1H2BE-201ENST00000614097 497 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ETV2-207ENST00000619399 994 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC138466.5-201ENST00000624002 808 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC104333.4-201ENST00000632866 554 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SLC25A19-205ENST00000442286 1496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HIST1H3F-201ENST00000618052 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
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