Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
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