Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
PTPN4P29074 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SRSF2-203ENST00000392485 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PRSS30P-203ENST00000476276 2855 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SERPINE3-204ENST00000524365 2293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CMTM6-201ENST00000205636 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 NAALADL1-204ENST00000358658 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
PTPN4P29074 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms