Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CHMP3Q9Y3E7 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms