Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RAB37-206ENST00000392615 2655 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RSPRY1-202ENST00000537866 3586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 ATP6V1H-201ENST00000355221 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC39Q9UFE4 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms