Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PPP6R2-204ENST00000395744 3293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SCARF1-201ENST00000263071 3443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 C22orf34-204ENST00000414287 2197 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MBD1-201ENST00000269468 3259 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SLC4A11-202ENST00000380059 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC099521.3-201ENST00000624251 2938 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ZW10-201ENST00000200135 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 USP31-203ENST00000567975 2142 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 NUBPL-201ENST00000281081 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 AC004890.2-205ENST00000416232 2804 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ARFGAP1-212ENST00000519604 3191 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PTPA-205ENST00000357197 2653 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 OPRL1-201ENST00000336866 3321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 NTN4-201ENST00000343702 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 DUSP28-202ENST00000405954 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
BRPF3Q9ULD4 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.2 ms