Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 VGLL3-202ENST00000398399 10400 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
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CHD3Q12873 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
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