Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXC9P31274 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms