Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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