Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC068152.1-201ENST00000575930 685 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL096828.3-201ENST00000615354 462 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SPAG11A-203ENST00000351436 534 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SPAG11B-204ENST00000361111 534 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
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