Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG1P18858 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms