Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms