Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 KRT8P19-201ENST00000551916 1455 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 BMS1P17-203ENST00000444357 552 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 BMS1P22-203ENST00000609679 552 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TCOF1Q13428 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
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