Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN3AQ9NY46 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
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