Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP40Q9NVE5 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP40Q9NVE5 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms