Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SCN2AQ99250 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN2AQ99250 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms