Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS35Q96QK1 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms