Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC88AQ3V6T2 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC88AQ3V6T2 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC88AQ3V6T2 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC88AQ3V6T2 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms