Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHD3Q12873 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
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