Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A4P53420 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A4P53420 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A4P53420 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.3 ms