Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL5A1P20908 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL5A1P20908 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms